Svatý Jan počátkem 18. století ještě neexistoval. Patří tedy k nejmladším osadám na Sedlčansku. Na vršku nad Jedlí a Skrýšovem bývala studánka – prý se zázračnou vodou. Za ní putovali lidé v procesích i jednotlivě, aby si u obrázku, který byl pověšen u studánky, v modlitbě vyprosili zdraví.

Majitel Skrýšova – Adam Ignác Mladota ze Solopisk – vystavěl kolem roku 1705 u studánky kapli ke cti Čtrnácti svatých Pomocníků a sv. Jana Nepomuckého. Opodál kaple stálo jediné stavení – hájovna a kolem se rozkládaly lesy.

V letech 1760 – 1764 nechal postavit další majitel Skrýšova – baron Norbert Kfelíř ze Zakšova, nejvyšší lesmistr knížete Schwarzenberga, na místě kaple kostel svatého Jana Nepomuckého. Kostel je zajímavá, prostorná barokní stavba zvláštního tvaru. Baron Kfelíř získal pro kostel části ostatků svatého Jana a dal je zasadit do stříbrného a pozlaceného relikviáře. U kostela bylo vystavěno obydlí pro kaplana a to byl počátek osady. Ta dostala jméno podle kostela. Aby se lišila od osad stejného jména, říkalo se tomuto Svatému Janu „nad Skrýšovem“. Prvním knězem byl zámecký kaplan F. Engelthaler, po něm Jan Filip, za něhož bylo při kostele zřízeno svatojanské bratrstvo. Bratrstvo stihl osud všech tehdejších náboženských spolků – bylo císařem Josefem II. v roce 1785 zrušeno. Až do tohoto roku se tu konávaly slavnostní pouti, trvající od 16. května po dobu 8 dní.

Svatý Jan nad Skrýšovem měl od roku 1901 obecní knihovnu, v roce 1904 zde byla založena poštovna, v roce 1907 přeměněná v  poštovní úřad, a Kampeličku, zřízenou v roce 1906. V roce 1923 byla založena obecní kronika. Na jižním okraji osady byla postavena škola, která dnes slouží jako Ústav sociální péče.